Работает, я так постоянно делаю на своем HTPC. Надо только не забывать замонтировать всякие /proc, /dev и т. п. У меня это примерно так выглядит:

mount -t nfs htpc:/ /mnt/htpc
mount -t proc none /mnt/htpc/proc
mount -o bind /dev /mnt/htpc/dev
mount -o bind /usr/portage/distfiles /mnt/htpc/usr/portage/distfiles
mount -t tmpfs none /mnt/htpc/var/tmp/portage
mount -t devpts none /mnt/htpc/dev/pts
chroot /mnt/htpc

Если на подопытном система 32-битная, а на ББ 64-битная, то не забыть сказать linux32. Ну и никаких -march=native в make.conf (если, конечно, процессоры на обоих не одной архитектуры).